Se cuenta con una red de puertos fluviales a lo largo del río Napo (sector Ecuatoriano), se tiene atracaderos del tipo flotante en la mayoría de los casos que permite el atraque de canoas que sirven a un flujo comercial de abastecimiento a los colonos y movilización de los colonos. Por otro lado se tiene la actividad petrolera la cual a hecho en los sectores de Pompeya, Itaya, El Edén y Chiro Isla infraestructuras para atender a gabarras que traen maquinaria y equipo para la explotación de pozos petroleros.
En consideración de haberse determinado un proyecto estratégico denominado “Manta – Manaos” se realizan los estudios correspondientes que permitan la implantación de un puerto fluvial el mismo que tentativamente se ha definido en Puerto Providencia. Se cuenta con los estudios de Navegabilidad del río Napo realizados por la Compañia SERMAN y se espera complementar con estudios de temporalidad que viene efectuando el INOCAR. Cabe mencionar que para este eje se ha definido un gerente.
En el primer trimestre del 2012 se realizó el primer viaje por la Hidrovía del Napo y apartir de esta fecha se han venido realizando de manera regular viajes con mercadería desde el Coca hasta Iquitos.
El ministerio de Transporte y Obras Públicas ha incluído esta hidrovía en los estudios para el mejoramiento de las hidrovías más importantes de la región amazónica los que se encuentran programados para realizarlos en el 2015.
Se ha suscrito el contrato para la construcción de Puerto Providencia y se prevé concluir las obras en diciembre/2014 de la primera etapa el monto de este contrato es: USD 10.000.000 y corresponde al teminal de pasajeros.
Se encuentran concluido el terminal de pasajeros y los estudios para el terminal de carga como una segunda fase del proyecto, proyecto que no está considerado en el PAI 2016; Sin embargo cuenta con la prioridad correspondiente y su ejecución será incluida en el PAI 2017